Étude de l'abondance relative de souches de "Fusarium graminearum" dans un inoculum mixte par séquençage 454

Cette étude visait à suivre l’abondance relative d’une combinaison de quatre souches de Fusarium graminearum au cours du processus d’inoculation artificielle de parcelles d’orge. Trois amplicons présentant des polymorphismes (SSR, SNP) spécifiques ont été examinés par pyroséquençage 454 sur des échantillons récoltés à tous les stades (souches pures, mélange des souches, inoculum frais, inoculum au champ, grains d’orges infectés). Seuls les marqueurs SNP ont permis d’obtenir une signature unique à chaque souche et ont permis d’estimer l'abondance des souches dans chaque échantillon. Cette analyse a révélé qu’il était difficile d’obtenir des mélanges parfaitement égaux des souches et que les souches se développaient de manière inégale sur les grains de maïs servant de support à l’inoculum. Au champ, ces différences se sont largement maintenues, tandis que des profils d’abondance distinctifs sont apparus sur les trois sites d’essai chez les grains d’orge infectés, mais sans différences significatives entre les cultivars d’orge.The aim of this study was to track the evolution of a combination of four Fusarium graminearum strains within a mixed inoculum and the ensuing stages of artificial inoculation on barley cultivars. Three amplicons containing specific polymorphisms (SSR, SNP) were examined by 454 pyrosequencing on samples collected at all stages of the process (pure strains, strain mixture, primary inoculum, inoculum in the field and infected barley kernels). Only SNP markers provided unique and accurate signatures for each strain. This analysis revealed that it was difficult to obtain perfectly equal mixtures of strains and that these strains differ in their development on corn kernels used as a growth medium for the inoculum. In the field, these differences remained, while distinctive abundance profiles were detected in infected barley kernels samples at the three nurseries; however, no significant differences between barley cultivars were observed